XRD[Rigaku]¶
フォルダに含まれるファイルの説明¶
プログラム名 |
説明 |
|---|---|
ras2csv.py |
rasファイルからFND(Formatted Numerical Data)のcsvファイルを作成するツール |
csv2graph.py |
FND(Formatted Numerical Data)のcsvファイルからスペクトルの図を作成するツール（グラフ表示、主要パラメータ表示なし） |
csv2graph_for_jupyter.py |
FND(Formatted Numerical Data)のcsvファイルからスペクトルの図を作成するツール（jupyter notebookで使用時、グラフ表示、主要パラメータ表示あり） |
ras2raw_XRD.py |
rasファイルから装置出力パラメータを抽出するツール |
xrd_raw_template.xml |
装置出力パラメータ抽出に使用するテンプレートファイル |
raw2primary_XRD.py |
装置出力パラメータファイルから主要パラメータを抽出するツール |
xrd_primary_template.xml |
主要パラメータ抽出に使用するテンプレートファイル |
batch_exe_XRD.py |
rasファイルからスペクトルの図作成、装置出力パラメータ、主要パラメータの抽出までを一度に行うツール |
README.rst |
使い方の説明 |
Jupyter Notebook での実行¶
Anaconda Prompt を立ち上げ、ダウンロードディレクトリ配下の Rigaku_XRD_tools に移動します。
cd [download directory]/Rigaku_XRD_tools
Jupyter notebook を立ち上げます。
jupyter notebook
Jupyter notebook から xrd_rigaku.ipynb をクリックして実行します。
Jupyter Notebook での使い方は XRD for jupyter notebook を参照してください。
コマンド¶
.ras 形式のファイルをフォーマットした数値データ .csv に変換します。
python ras2csv.py --encoding sjis "../source/XRD_RIGAKU.ras"
カレントディレクトリに XRD_RIGAKU.csv を出力します。
Note
-h オプションをつけて実行すると、ヘルプを表示します。
python ras2csv.py -h
.csv 形式のファイルから画像を作成します。
python csv2graph.py "XRD_RIGAKU.csv"
カレントディレクトリに XRD_RIGAKU.png を出力します。
.ras 形式のファイルから装置出力パラメータを抽出し、 raw.xml を出力します。
python ras2raw_XRD.py "../source/XRD_RIGAKU.ras" --encoding sjis xrd_raw_template.xml raw.xml
Note
--stdout のオプションをつけると標準出力にも出力します。
python ras2raw_XRD.py "../source/XRD_RIGAKU.ras" --encoding sjis xrd_raw_template.xml raw.xml --stdout
装置出力パラメータファイル raw.xml から主要パラメータを抽出し、 primary.xml に出力します。
python raw2primary_XRD.py raw.xml xrd_primary_template.xml primary.xml
バッチ処理¶
上記のコマンドをまとめて実行できると便利です。
batch_exe_XRD.py は、上記のコマンドをまとめて行うプログラムです。
python batch_exe_XRD.py "../source/XRD_RIGAKU.ras"
を実行すると、 ../result/XRD_RIGAKU というフォルダを作成し、その中にFND(Formatted Numerical Data)、スペクトルの図、装置出力パラメータ、主要パラメータファイルを出力します。連続変換を行いたい場合などに使用します。
Descriptions for script and template files in this folder.¶
Program name |
Description |
|---|---|
ras2csv.py |
a tool that makes a FND(Formatted Numerical Data) csv file from a ras file. |
csv2graph.py |
a tool that creates a spectral diagram from a FND(Formatted Numerical Data) csv file(no graph display,nor primary parameters display) |
csv2graph_for_jupyter.py |
a tool creates a spectral diagram from a FND(Formatted Numerical Data) csv file( if Jupyter Notebook is used, a graph and primary paramters are displayed.) |
ras2raw_XRD.py |
a tool extracts device output paramters from a ras file. |
xrd_raw_template.xml |
a template file used for the extraction of device output parameters. |
raw2primary_XRD.py |
a tool that extracts primary paramters from a device output parameter file. |
xrd_primary_template.xml |
a template file for the extraction of primary paramters. |
batch_exe_XRD.py |
a tool that does batch processing for extractions of device output parameters and primary parameters and a creation of a spectral diagram from a ras file. |
README.rst |
descriptions of how to use. |
Execute scripts by using Jupyter Notebook.¶
Launch anaconda prompt window, move to Rigaku_XRD_tools directory located under the download directory.
cd [download directory]/Rigaku_XRD_tools
There, launch Jupyter notebook.
jupyter notebook
Click xrd_rigaku.ipynb from Jupyter notebook and execute it.
Please refer to XRD for Jupyter Notebook for how to use it on Jupyter Notebook.
Write commands on command-line.¶
This python script converts a .ras type file to formatted numerical data in a .csv file.
python ras2csv.py --encoding sjis "../source/XRD_RIGAKU.ras"
This outputs XRD_RIGAKU.csv file in the current directory.
Note
If you add -h option at the end of the command-line, this shows help messages.
python ras2csv.py -h
This python script creates an image from a .csv file.
python csv2graph.py "XRD_RIGAKU.csv"
This outputs XRD_RIGAKU.png in the current directory.
This python script extracts device output parameters from a .ras type file and outputs a raw.xml file.
python ras2raw_XRD.py "../source/XRD_RIGAKU.ras" --encoding sjis xrd_raw_template.xml raw.xml
Note
Adding --stdout option at the end of the command-line like this redirects the output also to the standard output.
python ras2raw_XRD.py "../source/XRD_RIGAKU.ras" --encoding sjis xrd_raw_template.xml raw.xml --stdout
This script extracts primary parameters from a device output paramter file raw.xml and output to a primary.xml file.
python raw2primary_XRD.py raw.xml xrd_primary_template.xml primary.xml
Batch processing.¶
It is convenient to be able to batch process these scripts at once.
This batch_exe_XRD.py script is to do batch process and to execute above scripts at once.
python batch_exe_XRD.py "../source/XRD_RIGAKU.ras"
This makes a ../result/XRD_RIGAKU folder and outputs in there, a FND(Formatted Numerical Data) file, a spectral diagram, a device output parameter file, and a primary parameter file, utilizing a batch process in a continuous fashion. This is useful whenever you want to process several scripts at the same time.